Det finns knappt någon sport eller träningsform som är helt riskfri eller där utövare aldrig drabbas av skador, och yoga är inget undantag. Många former av yoga har kritiserats i olika grader av media, på grund av de hälsorisker som de sägs utgöra, och inte heller här är ashtanga yoga ett undantag. En skillnad är dock att den mesta kritiken i ashtanga yogas fall är riktad inte mot formen av yoga i sig, utan mot dess grundare och främsta lärare, K. Pattabhi Jois.

Kritiken gäller inte hans teoretiska läror, och ej heller de tekniker som ingår i hans form av yoga. Snarare rör de hans metod för att lära ut. I en artikel i The Economist noterade till exempel skribenten att flera av Jois studenter ”ständigt gick runt och haltade med skadade knän eller ryggar”, vilket beskrevs vara en följd av Jois ”rättningar” av deras positioner, då han ryckte dem på plats i exempelvis lotus, split eller brygga. En av dessa studenter, Tim Miller (som var den första amerikanen som certifierades att lära ut ashtanga yoga av Jois) menade att Jois rättningar kunde vara ”ganska vildsinta”. Hans rättningar har också beskrivits som överväldigande, och att de skapade rädsla och extremt obehag hos studenterna, eftersom de pressades bortom sina fysiska och mentala komfortzoner i vad som ofta var svåra och ibland till och med farliga ställningar.

Dessa risker kan således tillskrivas läraren, snarare än yogaformen i sig, och det finns självklart lärare i ashtanga yoga som är betydligt mer hänsynsfulla när det gäller sina studenters kroppar och vad de klarar av. Men skador inom ashtanga yoga förekommer även utan lärarens inblandning. En elev beskriver till exempel hur hon på grund av att hon var så tävlingsinriktad pressade sig för hårt under träningarna i ashtanga yoga. Detta ledde till att hon diagnosticerades med en buktning på en disk i hennes ryggrad, med domningar och smärta som konsekvens.

För att undvika skador är det alltså viktigt att, som vid all träning, värma upp ordentligt och stretcha. Det är också viktigt att man tar det lugnt under själva yogapasset, och inte pressar kroppen mer än den klarar av, samt att man återhämtar sig efter träningen genom att sova ut i en bekväm säng. Då kan man träna ashtanga yoga och bara åtnjuta fördelarna.